藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
交锋联盟…那是所有斗士梦寐以求的顶点之战。 现在，就在这个瞬间，在各个『战区』中，赌上交锋联盟出场权的热血预选赛正如火如荼地展开。其中一个战区『GGG』，也正在开展预选赛『机巧一族杯』，斗士们利用自己引以为傲的机械装置展开激斗。 获胜的关键在于和队友们的联机，以及战略。 能够轻松挥舞巨大机械装置的少女“板手G 莲琪”所率领的「涡流」，也是其中一支追梦的队伍。但是，在热斗正酣之时，一位神秘的少女闯了进来。这一次邂逅，将会逐渐改写莲琪、涡流以及GGG的命运！
22接到游戏公司邀请，参与他们研发的虚拟现实游戏《盒中海》试玩。游戏世界里的南方沿海渔村，村民们把各家各户供奉的神像请上街来“游神”庆贺元宵。22和其他3名测试玩家发现一位未曾见过的女性神明“慈舟圣姑”。随着深入探查“慈舟圣姑”的来历，他们逐渐发现来自游戏外的人为篡改痕迹，有一个神秘的力量在潜移默化影响游戏里的npc。另一方面，22的妹妹33也在游戏外发现员工的蹊跷行为。居心叵测的公司企业、悄悄策划神秘仪式的npc渔民、还有似乎各怀秘密的同伴。一个多方势力交织的巨大阴谋渐渐浮出海面。
奇利男谢洛（森久保祥太郎 配音）是大陆最强魔术士查尔德曼（中田让治 配音）的得意弟子，在获得了“钢之继承者”的名号之后，谢洛离开了牙之塔，化名欧菲踏上了寻找姐姐阿丽莎的旅途。虽然阿丽莎已经异形化，并且犯下了滔天的罪行，但欧菲依然相信自己能够找到让姐姐恢复原状的方法。 在旅途中，欧菲邂逅了开朗又活泼的大小姐克丽奥（大久保瑠美 配音），和非常崇拜欧菲，拜他为师的青年马吉克（小林裕介 配音），三人结伴而行，与此同时，欧菲的师父查尔德曼也集结了曾经的一群战友，决定正式启动讨伐阿丽莎的计划。
《卢卡斯兄弟搬家公司》围绕Kenny Lucas和Keff Lucas兄弟展开，两人从去世的叔叔手里获得一辆卡车，从此在布鲁克林绿点（Greenpoint）开始了搬家公司的营生。顾客们看着瘦骨如柴的兄弟二人，常常疑虑重重，但他们常以一句“不然上帝造出两个我们干嘛”囫囵搪塞。值得一提的是，本片的创作者正是剧中角色的真实化身：Kenny Lucas和Keith Lucas兄弟。
