故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，一名外星人意外从宇宙坠落，他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并有着“究极”的称号。 失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。初到地球的宙人，对人类充满好奇，积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽展开战斗。 与此同时，地球上的人类对突然现身的巨型生物，以及手持红色头镖与之战斗的巨人充满疑惑。为探寻真相，人类开始从各个角度观察这位神秘巨人。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。作品将通过他们之间的羁绊与经历，深度探索 “奥特曼为何要守护地球” 这一问题的答案。 现在正是觉醒之时。
故事发生在一个妖怪与人类共存的世界中。众多的妖怪分为激进派和保守派，其中，激进派的妖怪们经常会犯下危害人类安全的案件。为此，一个名为“妖人省”的机构成立了。在妖人省中，拥有一半妖怪血统的人类被集结起来，他们和人类组成搭档，专门解决由妖怪引起的不思议事件。 西王石榴（中原麻衣 配音）就是妖人省的一员，她的搭档是外形超级俊朗但是内心十分害怕妖怪的军官总角景（樱井孝宏 配音），石榴经常因此而嘲笑胆小的景。此外，还有性格内向的薄萤（花泽香菜 配音）和她的搭档芳野葛利剑（日野聪 配音），古灵精怪的姐妹鬼灯（堀江由衣 配音）、雪洞（丰崎爱生 配音）和她们的准夫君花桐丸龙（尾裕贵 配音）。在调查事件的同时，石榴为何会成为半妖的原因也渐渐的浮出了水面。
遥远的未来，人类散布到宇宙各处，建立了繁荣的文明，名为「EDEN」。但是在600年前突然发生的不明灾害时空震毁掉了这一切，失去了超光速航行、超光速通信等高科技的宇宙进入了人类文明的「黑暗时代」。 而后到了400年前，「白月」出现在行星「特兰斯巴尔」上空，住在白之月的「月之圣母」将 「遗失文明」中对人类有益的技术称为「天惠」教导给人们，也因此建立了特兰斯巴尔皇国。特兰斯巴尔历100年左右，人类得到了制造宇宙船的能力，此后开拓宇宙的一百年间，支配了128个星系，确立了不败王朝的地位。 在某个看来很普通的边境警备舰队下，有一支直属于月之圣母的特殊部队「天使队」。这支由女性组成的特殊部队，驾驶着遗失文明的结晶「纹章机」，专门负责在银河各地搜寻远古的科技遗迹，加以回收管理。
