机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。 实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——
自古以来，生灵万物自出生时就带来了两股能量——幸福的能量和不幸的能量。然而日本的佛女津市这两股能量的平衡却遭到了破坏。神明界掌管幸运与不幸平衡的穷神会派出穷神红叶（内山夕实 饰）下凡到人间调查破坏运气秩序的元凶樱市子（花泽香菜 饰）。16岁的高中生樱市子是一名集美丽、智慧、财力、运动细胞于一身的天生幸运儿，她从出生就不知道什么是努力和失败。红叶用观察幸福与不幸能量值的眼镜看出原来樱市子不仅幸福的能量值大大高于常人，还在不断汲取着别人的幸福能量。红叶断言如果樱市子继续不断吸收别人的幸福能量的话，将会招致身边人变得不幸。于是红叶宣布要废掉樱市子吸收幸福能量的能力并且把她多得离谱的幸福能量还回它们应有的地方……
一直被贴着受欺负孩子标签的实。希望能看到她的笑容的方和杏子，在某个下雨之日的午后，尽情地与她说了话。然而，仍然看不到她真正的笑容，而她的身体状况也变得恶化，连学校也不来了。那之后过了两个月……方和杏子收到了一封不可思议的邮件。没有发件人的名字，甚至无从回信的这封邮件，传达了邻镇夏日祭典的通知——
浮于日本一隅的和平宁静的龙宫岛----一座与日本本土隔绝的孤岛人们长年过着和平,安静的日子.“你……在那里……吗?“有一天,一个遥远魑魅的声音传来,紧接着美丽而又不祥的生命fostom从苍穹之间袭来.其实早在29年前,龙宫岛乃至日本就已不存在于地球的版图之上,这一切的谜团随着危险生物Festom的到来逐渐展开.一切的伪装被卸下,战火开始燃烧,这里将不再平静……龙宫岛上的少年真壁一骑在Fafner驾驶员丧生的情况下,无奈的踏上了驾驶巨人Fafner保护这块乐园的旅途.是坚决保护最后的乐园?还是懦弱的逃避现实?一骑紧握好友总士的手,开始了不知终点的战斗之路……
这个世界分为善和恶两个部分。恶魔塔罗牌掌控着属于恶的黑暗世界，而自然塔罗牌则身为抗衡黑暗的存在，一直制约着恶魔塔罗牌对于世界的吞噬。太阳灯里（门胁舞以 配音）是一个平凡的少女，幻想着能够成为和母亲一样的塔罗牌占卜师。一天夜里，灯里突然遭到了魔物的袭击，塔罗牌的力量将灯舞带进了一个魔幻的世界之中国，在那里，灯舞是手持长剑的剑士。 原来，这个世界上存在着拥有成为精灵塔罗牌的使用者的特殊能力的少女，而灯里就是其中一个。在灯里的力量觉醒之后，她被相关部门带往了一所专门保护和训练这样的少女的学校之中。
