《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
坐落在这个世界的某个角落的超大型综合动物园「加帕里公园」，依靠着那里的神秘物质「砂之星」的力量，动物一个个都变成了人类的模样。变身成为「兽娘」，来访的人们把她们称为「朋友（friends）」。在热闹中享受着梦幻般的时光。在加帕里公园顺利开业之前，其实有一场巨大危机。这是讲述跨越危机的朋友们和「园长」的冒险故事。担任公园向导的未来小姐和曾经参与冒险的薮猫一行，将这个故事记录了下来。救公园于危机之中的众多朋友们和「园长」出镜的乱哄哄的视频记录，你也来看看吧？
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大空遥（优木加奈 配音）是一个个性活泼开朗的女生，却因为自己个子太高走在人群中过于扎眼而时常感到缺乏自信。原本居住生活在东京的她来到了临近大海阳光灿烂的冲绳，进入那里的高中就读，在冲绳，遥和表妹比嘉比方（宫下早纪 配音）重逢了。 在比方的影响下，遥开始接触沙滩排球，令遥感到自卑的身高，在这项运动里却成为了她的优势。个性大大咧咧不拘小节的红爱（种崎敦美 配音）、凡事都十分认真一板一眼的惠美理（末柄里恵 配音），通过这项运动，遥结识了一帮志同道合的好友们，在金黄的沙滩上和蔚蓝的大海边，女孩子们尽情的挥洒着她们的汗水。
