故事发生在虫子的世界里，蜘蛛就是警察，一名侦探在最终抓住了他的宿敌后登上了飞往旧金山的水上飞机，但飞机上的一场谋杀将他卷入了一个威胁人类和虫子世界的阴谋中。
在1999年，一艘外星宇宙战舰坠落到了地球，人们用了了十年的时间修复并取名为"MACROSS"。2009年，MACROSS要塞正在举办一场偶像歌星林明美（饭岛真理 配音）的演唱会，突然空袭警报响起，要塞开始了变形。战斗中，一条辉（长谷有洋 配音）驾驶着变形战斗救下一名少女，战机却由于速度过快撞进外层舱室。安定后，辉发现救得是林明美。俩人相识后，为使明美高兴，辉偷开教练机带着明美去兜风。敌人趁机出现，好在朋友这时挺身相救，经过一场混战，辉和早濑未沙（土井美加 配音）醒过来，发现在一个荒芜的星球上。他们了解到，五十万年前，一个叫"普罗多"的古代文明发展到顶盛时，已经可以借遗传密码无性繁殖后代，于是国家分裂为由男性组成的"杰特拉帝"和由女性组成的"赫而特兰帝"开始了长达数万年的战争。在战争中文明急剧衰退了，曾经伟大的文化被遗忘殆尽，退化成了只会战斗的种族，为了维护和平，他们将会采取怎样的行动…… 《超時空要塞》是1982至83年间播出的一部电视动画，本片在其基础上精简改编而成。
黒の地平を旅立ち、 次の大陸めざし航海していたビィトたちは 新たなる敵『魔牢獄の獄長バウス』の攻撃をうけ、 地図にのらない幻の大陸に漂着する。 そこには、 天撃を使う人々の暮らす町シャンティーゴがあり、 ビィトたちは暫くこの町で暮らすことになる。 シャンディーゴの領主の息子であるリオンは バスターになることを嫌い、 いつも、家出のチャンスをうかがっていた。 そんなリオンと出会ったビィトたちは リオンが秘めている謎の力、天力陣に助けられ バウスのあやつる囚人ヴァンデルたちと激しい闘いを繰り広げる。 リオンに興味をもつバウスの狙いとは？？ リオンのもつ力とは？？ ビィト戦士団とリオンの出会いが新たな冒険の扉を開く！！
