正体不明の怪獣たちが突如出現。 シュールな世界観の中で“怖カワイイ”愛玩怪獣たちが次々と登場し、縦横無尽に暴れ回る。 玩具のような外見の彼らは、見た目も行動もそのすべてが人間の想定外。 人類に未来はあるのか、ないのか？
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
前世叶云飞天资过人，但体内武脉突然关闭，无法练武，遭遇了家族内部的奚落，未婚妻的私通背叛，各家族的围剿，让少年叶云飞众叛亲离，好友被欺凌、挚爱伤心离开、父亲惨烈战死。好在云游路过的紫圣真君将他收入门下，叶云天成长为有史以来最年轻的天帝，却在渡劫时遭遇偷袭，重生回一切转折 发生的武脉尽失之时，却也是热血少年时代。 再次遇到旧日的亲人、好友、恋人，面对熟悉的一切，一代天帝叶云飞选择重新开始。体内尚存一缕天帝之魂，让前生记忆得以完好保存。内有名位之争，外有家族矿脉荣辱之责，举目帝国天骄聚集，四大宗派各为其势，天玄大陆豪杰并起，叶云飞熟谙这世界强者为尊的规则。在千年天帝记忆的帮助下，叶云飞的武功进步惊人，在武道世界之中不断成长，并带领家族、师门快速壮大。 安定时日未几，外来侵略者铁蹄来犯，叶云飞率众奋起反抗，保卫家园生生不息。 为了追求更高层次的武道之路，叶云飞离开家乡踏上了新的旅途，终成一代天帝。尝过太多落井下石、釜底抽薪，这一世必是神挡弑神，佛挡杀佛，横戈跃马，不负少年。
在一个地方，宝石宠物和人类和睦的在一起生活着。这时候茱莉亚女王拜托了宝石宠物，叫他们收集魔法宝石，并且给露比等人魔法宝石箱...
故事依旧围绕斗龙战士的冒险、友爱、热血的战斗精神展开叙述，通过宝贝龙拍档和原始恐龙之间的经历和磨炼，以及斗龙战士之间的情感变化，多角度的弘扬斗龙精神，让孩子们体会成长中遇到的挫折和变化，让人类向原始恐龙学习来自原始恐龙世界的美德，共同为创建人类更美好的未来而努力。
