随着友哈巴赫攻入灵王宫，死神与灭却师展开了最终决战。灵王陨落，现实世界随之崩塌。昔日的宿敌联手突入已发生异变的宫殿，共同迎战威胁万物存续的危机。
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
公元2011年，美国佛罗里达州。空条徐伦在与恋人开车兜风时遭遇交通事故，之后因被人陷害而获刑长达15年之久。 她被关押在州立绿海豚街重警备监狱——别名“水族馆”。被逼到绝望边缘的徐伦，却通过父亲托付给她的吊坠而觉醒了体内不可思议的力量。 “这个世界上存在着比死亡更可怕的事情 而且这件事情将必定在这家监狱发生。” 这是出现在徐伦面前的神秘少年所留下的讯息。难以理解的事件接连发生。前来探监的父亲空条承太郎口中讲述的恐怖事实，以及一个叫做“DIO”的名字……
目が覚めると、そこは見知らぬ森だった。 どうやらここは俺の知らないファンタジー世界らしい。 周囲を見渡せば、おっかない異形の魔獣だらけ。自分の姿を見てみたら、そこには…・・・って、オイ！ 俺、卵に転生したっていうのかよっ！？ 進化先にドラゴンとはあるものの、そもそも卵から孵るには魔獣を狩ってLVを上げなきゃいけないっぽい。 戦うなんて絶対無理！だって俺、卵じゃああぁああああん！！ なんとか進化はできたものの、せっかく出会えた人間からは“モンスター認定”される始末。 俺はただ、人間と仲良くなりたいだけなんだよおおおおお！！ いつだって絶体絶命！
新时代的假面骑士，觉醒了。 他的名字是…… 假面骑士ZZZ。 新假面骑士，是在梦境世界战斗的特工！ 普通的青年在梦中摇身一变成为“无敌的特工”，守护人类，对抗侵害现实世界的噩梦怪人“梦魇”！ 来吧，任务开始！
延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。
塔罗、蒸汽朋克、超能力……周明瑞自异世界而来，加入了这个以疯狂与恐怖为底色的世界，成为了“克莱恩”。
“我不拯救世界，只管杀哥布林。” 据说这间边境公会里，有个只靠讨伐哥布林就升上银等（位列第三阶）的罕见案例…… 一名女神官成为冒险者后，首次加入团队，就在冒险中陷入了危机。 而拯救了她的，正是这名人称“哥布林杀手”的男子。 他不择手段，不辞劳苦，潜心扫荡哥布林。 女神官被这样的他牵着走，公会的柜台小姐感谢他，儿时玩伴的牧牛妹等候他。 一名森人（Elf）少女听闻他的事迹，也现身委托任务……
