藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
在未来的某一天，一对男女Retro（山口胜平 配音）和Pandy（本田贵子 配音）在一片荒野中醒来，却发现自己不但赤身裸体而且丧失了记忆。二人来到了东京闹市中肆意抢劫衣服和食物，经过一番大战后，两人被捕，并被投放到月球上的监狱“Dead Leaves”。 经过一段短暂的禁闭生活后，他们发现这座监狱是一所克隆工厂。两个看守员随意杀害克隆人，于是Retro和Pandy萌生了越狱的念头。Retro和Pandy轻而易举地解开了身上的锁，更不可思议的是，他们居然对这座监狱了如指掌。他们的真实身份究竟是什么？
