在空地上，小夫（肝付兼太 配音）向大家炫耀现在最畅销的神秘火车的车票，胖虎（立壁和也 配音）和静香（野村道子 配音）恳求小夫也带他们去。这时，大雄（小原乃梨子 配音）急匆匆跑了过来，哆啦A梦（大山信代 配音）已经三天没回家，小夫和胖虎在一旁幸灾乐祸的笑着。晚上，哆啦A梦回来了，原来这三天他跑到了22世纪去买银河列车的车票。第二天晚上，银河列车在后山停站了，大雄和哆啦A梦开始了他们的银河之旅，车长（伊仓一恵 配音）总是笑嘻嘻，很有礼貌。另一边，神秘的生命体降落在了后山，是来自宇宙的寄居物，寄居物将自己附在人类的身体上，来操纵人的大脑，他们的目的是将整个地球毁灭掉。 在车上奇奇怪怪的事情发生不断，大雄在车厢外看到了一个忍者，小夫说看见了海盗，胖虎则看见了恐龙。哆啦A梦告诉大雄他们出现了一伙“神秘黑色影团”。遭到黑色影团的袭击后，列车在一颗行星上停下了，而冒险这才刚刚开始……
还记得那个草裙娃娃吗？它惹了大祸，把哀木涕扔到了时光之穴，还夺走了他的记忆！时光守护者赛菲尔发现这件事与一场将要降临艾泽拉斯的大灾难有关，于是把哀木涕救了回来，并且让他承担拯救世界的责任。恢复记忆的哀木涕对自己的斑斑劣迹也后悔不已，决定洗心革面，做一个真正的战士。浪子回头金不换，努力的他终于唤回了一度离去的伙伴。但是，作为敌人的联盟会如何看待他的蜕变？赛菲尔所说的大灾难又究竟是什么呢……
