一边在自家的餐馆“幸平”帮忙，一边磨炼料理水平的幸平创真，进入了超级精英料理学校“远月茶寮料理学园”。创真在学园内外与各种各样的料理人相遇并不断成长，但随着薙切蓟就任远月学园的新领袖，状况发生了转变。在新创设的中枢美食机关影响下，无法再自由地制作料理……创真等人反对中枢美食机关的做法，结果却被视作学园的背叛者。 ——之后，他们迎来了二年级升级考试。即使遭人白眼，众人仍然齐心协力突破考试，但中枢美食机关的妨碍并未停止。同伴们终于遭到退学处分的打击！被逼入绝境的创真等人为了打破这一状况，决定与蓟政权下的新远月十杰展开连队食戟。初战取得了压倒性胜利，但决定他们命运的激战才刚刚开始。终于迎来2nd BOUT！究竟创真等人能否夺取十杰之座，拯救同伴呢？
Superjail是这个世界上最为庞大及残酷的监狱，它被建造了一座活火山上。这里每天都会发生骚乱与谋杀，却无人能够逃离这里。
因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
