在熙攘的人类世界里，很多妖精隐匿其中，他们与人类相安无事地生活着。猫妖罗小黑因为家园被破坏，开始了它的流浪之旅。这场旅途中惺惺相惜的妖精同类与和谐包容的人类伙伴相继出现，让小黑陷入了两难抉择，究竟何处才是真正的归属？
千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声… 那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。 虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。 不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？
千年前，神将飞蓬与魔尊重楼于新仙界中大战，神剑“照胆”跌落人间，飞蓬被贬下凡。千年后，蜀山锁妖塔震荡，获得魔剑的飞蓬转世——景天，与唐雪见、徐长卿及紫萱几人开始了一场为收集五灵珠封印锁妖塔的冒险。
传奇黑客为拯救人类被系统AI追杀身死，意外成为异界第一宗门的宗主，但为了应对宗内全是卧底的局面和随身而来的系统危机，陈宁只想低调的再观望看看。但如锥处囊中，纵使他冷面无双心系世人，也是万花丛中过，朵朵都沾身，最后在系统代理人姜雀的帮助下，陈宁王霸之躯一抖，敌我双方纳头便拜！世界隐秘争先恐后对他打开，最终破解灭世危机。
故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。 同样优秀的，还有副会长四宫辉夜（古贺葵 配音），虽然各方面都属拔尖，但她的性格却给人一种冷淡的感觉。实际上，白银和四宫在情感上相互吸引着，只是他们谁都不愿意首先迈出第一步，而是想方设法逼迫对方行动，一转眼半年过去了，两人的关系可谓是毫无进展，这可怎么办呢？
正当Keroro小队们向着第四年TV动画进发时，其第二部剧场版《超剧场版Keroro军曹2 深海的公主、是也！》即将于3月17日开始在日本上映。继宣扬“友情”最高的第一弹剧场版结束之后，此次剧场版将大力宏扬伟大的家族之爱。 终于水之惑星马隆星开始了对地球的侵略。马隆星的末裔Meru王子和他的随从Maru，常年2个人生活的他们决定寻重建他们的世界，于是他们开始寻找公主的候补人选。而被选中的竟然是Keroro小的队所居住的日向家的长女，日向夏美！Keroro一行开始向着深海所在的秘密王国出发，解救被掳走的夏美。
