TVシリーズ化もされた人気カードゲーム・コミック「遊☆戯☆王」の劇場版第3弾。カードバトル・デュエルによってネオ童実野シティを守っている不動遊星は、世界の破滅を目論む未来から来た謎の男・パラドックスに自分のエースモンスターであるスターダスト・ドラゴンを奪われてしまう。遊星は時空を超え、カードの精霊の力を使うことができる遊城十代を訪ね、そこで事件の真相を知る。2人は伝説のデュエリスト・武藤遊戯と力を合わせ、パラドックスとの壮絶なデュエルに向かう。
为了拯救危难中的村民，阿斯达卡的右手中了凶煞神的诅咒。达卡只好离开亲人往西方流浪以寻找解除诅咒的方法。旅途中他遇到了由幻姬大人带领的穷苦村民在麒麟兽的森林里开采铁矿，提炼矿石。 白狼神莫娜和她养大的人类女孩“幽灵公主”桑对幻姬恨之入骨，因为她们觉得幻姬带领众人破坏了森林。想帮助人类的阿斯达卡被桑深深吸引，他理解她，但为了帮助穷人又不得不和她作战。一次战斗中，阿斯达卡被麒麟兽所救，他的立场更加摇摆不定。 这时，以疙瘩和尚为首的一群人来杀麒麟兽，幻姬以火枪击毙了麒麟，麒麟的头被疙瘩和尚抢走。愤怒的麒麟的灵魂为夺回自己的头，大肆破坏着森林。阿斯达卡和桑联手决定帮麒麟夺回头颅。
Life goes on after the tragic deaths of Hank and Dean. Meanwhile, the Monarch deals with life "inside" but you can't keep a good criminal mastermind down. But will King Gorilla prove to be his greatest ally, or his worst betrayer?
海涅（植田圭辅 配音）拥有着小巧的身材和可爱的外貌，身为一个完完全全的普通人的他，既没有显赫的身世撑腰，亦没有受过什么高等的教育，却在意想不到之中被选中成为了“王室教师”。他的任务是从四位个性迥异的王子中选择可塑之才，将其培养成为继承王位的候补者。 拥有着比女子还要秀美的容貌却生活在深深的自卑之中的莱恩哈特（广濑大介 配音）、满腹诗书个性固执而又极端的布鲁诺（安达勇人 配音）、开朗乐观平易近人的里希特（苍井翔太 配音）、外表冷峻令人无法接近实际上却喜欢可爱的东西的凯（安里勇哉 配音），这些并不服从管教的熊王子们会给海涅出怎样的难题呢？
一场全球性地质灾难使得大陆处于割据状态，由不同的武装集团占领。大陆相对繁荣的萨科城被优人军阀攻占，萨科城北部为北域，西部为西庭，还有其周边五大城市原住民联合组织的五城联军，多方各自为政。由贺将带领的东邦小队与优人正面对抗，引起了多地势力的注意。与此同时，各地冲突不断升级，贺将被迫卷入激烈的斗争中。
