以传奇杀手坂本太郎为主角，金盆洗手的他与亲爱的家人平静度日，没想到有刺客接连来袭，幸福家庭生活恐将好景不常。这下子坂本太郎必须与伙伴联手，守护他的幸福日常。
在古老的传说中，长有洁白羽翼的公主被禁锢在房间之中，希冀这外面的世界。某日，一位神秘的少年出现在了公主的面前，成为了公主唯一的朋友。透过少年之口，公主得以知道大千世界里发生的种种。然而，当公主和少年相爱之时，曾经的诅咒应验了。 神尾观铃（川上伦子 配音）自小体弱多病，孱弱的身体令她无法去学校上课，只能整日待在家中。然而，观铃却并没有因此而变得郁郁寡欢，因为她相信，自己总有一天会遇见传说中的那个少年。国崎往人（小野大辅 配音）是一位旅行中的人偶师，他一直在寻找母亲所告诉他的“在空中的少女”。当往人遇见观铃之时，他发现，也许观铃正是他想要寻找的那个人。
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。 梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
