胡八一等人受陈教授委托，前往南海珊瑚庙岛，雇阮黑师徒乘三叉戟号赴珊瑚螺旋寻秦王照骨镜。历险后坠入归墟，于沉船内得古镜并知阮黑乃多玲仇人。脱险后休整时，突现神秘人持棍逼近守夜的明叔。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
2069年，超智能电脑利用合成体僵傀控制世界，遭到人类的抵抗，为了统治世界并管理人类，超智能电脑派遣无间妖与众僵傀回到2016年，收集人类的精神信息码，提供给超智能电脑。被夺走精神信息码的人，变得毫无情感，如行尸走肉一般，人类社会惨遭涂炭。受害者苏筱筱失去记忆，流浪在城市中。充满热情、相信只要通过努力定会成功的信一，决心帮助苏筱筱找回记忆。寻找记忆过程中，他们不断受到僵傀的袭击。信一得到捕将铠甲系统，在好友志凯等人的帮助下，信一合体为捕将铠甲，痛击僵傀。在危急时刻，又出现神秘的捕将铠甲帮助信一。线索显示，原来僵傀和霸王集团有着千丝万缕的关系，苏筱筱的身世也指向霸王集团。信一面对诸多邪恶力量，一直坚持正义的信念，燃烧不尽的热情，最终消灭了整个邪恶势力，破解了重大的阴谋
