小潜艇阿力前往海底深处执行任务，遭遇史无前例的意外事件。小鲨鱼梅莎拒绝成为爸爸独眼鲨那样鱼见鱼怕的海底霸王，内心幻想成为小潜艇阿力一样的海底英雄。她无意之中得到的神秘宝盒，却把爸爸独眼鲨变回了童年的模样。当宝盒离奇失踪后，海底游乐场惊现神秘大怪物…… 为探寻谜底拯救海底世界，小潜艇带着超萌小动物们一起踏上了神奇的寻宝冒险之旅。
在剧场版动画「舰队Collection」的官网上，公开了一段特报视频。在这段45秒的视频之中，收录了舰娘们战斗的场面，TV版登场的吹雪、睦月、夕立之外，鸟海、加古等也一并登场.
电影分为三个可爱的小故事。 一天，在风景怡人的农场里，小猪、兔子和鸭子见到了一个人类的小宝宝。负责护送小宝宝的鹈鹕拜托三只小动物将宝宝平安的送到他的人类母亲的手中，就这样，三只有些脱线的动物踏上了旅途。 大坏狐狸一心想要将肥美的母鸡当做自己的盘中餐，无奈母鸡太过强大，狐狸根本不是她的对手。既然打不过母鸡，狐狸将“魔爪”伸向了母鸡正在孵的三枚鸡蛋，狐狸决定将这三只小鸡孵出来养大之后再把他们一一吃掉。然而，三只小鸡似乎将狐狸当成了他们的妈妈，亦以为他们自己也是狐狸。 圣诞节就快要来了，农场里的动物们都欢天喜地的准备迎接圣诞老人的到来。然而，鸭子和兔子却在一场意外之中“杀死”的圣诞老人。
宫藤芳佳加入了人类防线“第501统合战斗航空团”！……但关键的敌人·涅洛伊却迟迟不来，众人过着并非战斗而是忙于炊事洗衣的每一天。一边被充满个性的队员们折腾得团团转，时而吐槽时而响应，芳佳与愉快的魔女们怪怪的日常开始了！
