初三三班最调皮的“学渣”王强（邢原源 配音）和“暴躁班主任”石妙娜（王博文 配音）意外互换了身体，压迫已久的王强过了一把当班主任的瘾，石妙娜也体会到了做“学渣”的滋味。石妙娜的公开课比赛日期临近，二人急需找到换回身体的方法，却遇到重重阻碍……
和泉正宗（松冈祯丞 配音）是一名专注于创作轻小说的作家，曾经获得过新人奖，并就此踏上了写作的道路。不久之前，正宗开始了和没有血缘关系的妹妹和泉纱雾（藤田茜 配音）一起的同居生活，哪知道虽然住在同一屋檐下，但正宗几乎没有在家里看到过纱雾，因为纱雾是一个只待在自己房间里绝对不会出来的超级宅女。 负责给正宗的小说画插图的是一位名叫“情色漫画老师”的插画家，其画技之精湛令正宗深深折服，然而，情色漫画老师未曾有过以其真身示人之时，对于他隐藏在网络背后的真实面目，正宗有着诸多的猜测。然而，让正宗没有想到的是，这位插画家的真身，竟然就是妹妹纱雾！
“瞧一瞧看一看，暗芝居表演开始喽~” 伴随着稀疏冷清的鼓声，江湖艺人（津田宽治 配音）鬼魅的吆喝声再度响起，充满好奇心的孩子从四面八方聚过来，一同观看哪一个有一个让人胆战心惊并且回味起来已经冷汗直冒的恐怖故事。承接第一季，《暗芝居》的故事继续以洋片（紙芝居）的表现形式讲述短小精悍的恐怖故事，而此次制作阵容得到壮大，在恐怖领域占有重要席位的清水崇（《咒怨》）、井口升（《无限富江》）等导演相继加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。片尾曲方面，初音带来的《四十九日目》，其邪典气息不逊于前作。此外，官网依然不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者们继续在幽暗的世界里徜徉。
