在《Fate/Zero》中，与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年，韦伯·维尔维特。时光流转，少年继承了君主·埃尔梅罗的称号，以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份，在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——
楠木凑成了乡下一座新建宅院的管理员。原本是座有恶灵寄宿其中、非常「不干净」的院落大宅，然而身怀超强驱除邪祟力量的楠木却在不知不觉间将之消灭殆尽！彻底净化过后的楠木邸变得万分舒适宜居，诸多各有个性的神明纷纷为之而来！爱吃甜食的山神、还有毛茸茸的眷族、嗜酒的灵龟……待他察觉到的时候，宅院庭院竟已成了四季如春的神域！？甚至连现代阴阳师都会为了藉助楠木驱除邪祟的力量前来造访……与山神邻居们温馨的山林乐居生活，才正要拉开序幕。
世纪之末，一场突如其来的洪水即将席卷Griffin岛。动物们在狮子领袖的带领下登陆一艘空前绝后的大船——诺亚方舟，不过不是所有动物都可以登上方舟。戴夫和芬尼是对呆萌可爱的喜欢旅行的父子俩，由于未在名单内，父子俩被禁止登陆方舟。为了躲避洪水，父子俩只好乔装打扮成小金狼 ，混上了方舟。却乌龙巧合的遇到了金狼母女海泽尔和利亚。好不容易蒙混过关，以为已相安无事，但两个好奇的小宝贝却不慎跌出船外。于是，芬尼和利亚开始了一场寻亲之旅。期间，两个孩子从冤家变成朋友，用勇气和友情战胜洪水和野兽的袭击。与此同时，戴夫和海泽尔为了营救他们的孩子也在和傲慢的狮子船长斗智斗勇……
故事中的世界是以中世纪欧洲为基本架构，除了人类以外还有龙、精灵以及哥布林的存在，是典型的托尔金系统中的奇幻世界。神与魔不断地纷争，神为了保卫世界而战；魔为了争取长杖毁灭世界而战。赤眼魔王和赤龙神为了各自的目的而战。赤龙神将赤眼魔王击败，并将它分为七部份。为了防范魔族的行动，他化为四个分身固守着四方。 一千年前，魔王的一部份觉醒了。它率领着魔族们向赤龙神的一个分身——水龙王挑战。魔王五个手下中的四个设下了结界，由它和魔龙王一起直接跟水龙王决斗。后来，魔王的计划宣告失败，魔龙王被封印。魔族的行动渐趋寂静…… 一千年后，自称“天才美少女魔导士”莉娜·因巴斯诞生了。故事也从她在森林里遭遇盗贼，得到流浪佣兵高里·卡布列夫的相助开始。从此他自称为莉娜的监护人成为共同旅行的伙伴。而两人的命运又和魔王有着不可分割的关联.....
