星元122年―― 这是众多企业扩展至宇宙，并构筑了巨大经济圈的时代。 从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利，作为米奥莉奈·伦布兰的新郎和高达公司的一员，过着充满邂逅和刺激的学园生活。 奎达工厂事件两周后，斯莱塔在学园里边满心期待着和米奥莉奈的再会边度日。 与此同时，米奥莉奈在贝纳里特集团本部照看着父亲。 向二人袭来的新的困难与迫近的决断。 少女们胸怀各自的感情，面对高达带来的强大诅咒。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
因为家人工作的原因，原本生活在繁华大都市的鹤木阳渚（高尾奏音 配音）搬到了风景秀美的乡下，并且进入了那里的学校就读。并不适应室外作业的阳渚本想加入学校的手工社团，哪知道在误打误撞之下遇见了名为黑岩悠希（筱原侑 配音）的前辈，在前辈的威逼利诱之下，阳渚最终加入了悠希所在的海堤社。 个性大大咧咧，运动神经极为发达的帆高夏海（川井田夏海 配音）、性格沉稳，尤其擅长烹饪的大野真（明坂聪美 配音），再加上一个非常习惯恶搞社员，思维过于活跃和跳跃的社长悠希，阳渚充满了欢笑和汗水的课后部活就此拉开了序幕。
