将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！ 神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
剧情延续了上一部，玛尔（德芙·卡梅隆 Dove Cameron 饰）和本（米切尔·霍普 Mitchell Hope 饰）排除了千难万险，最终走到了一起。自此之后，玛尔开始学习如何成为一名合格的公主。但随着时间的推移，玛尔渐渐意识到，现在的生活虽然富足，可是却并不能令她感到快乐，她必须在过去和未来之间做出选择。 一次偶然中，玛尔和本之间爆发了一场激烈的争吵，一怒之下，玛尔回到了失落之岛，再度见到了自己过去的好友乌玛（琪娜·安妮·麦克兰 China Anne McClain 饰）、哈里（汤马斯·多赫提 Thomas Doherty 饰）和吉尔（迪伦·普莱费尔 Dylan Playfair 饰）。回到了失落之岛的玛尔换回了自己曾经的服装和发色，直到此时她才总算感觉到做回了真正的自己。
八十年代，苏联国内的毒枭从美国大量进口毒品，上尉德戈（阿诺·施瓦辛格 Arnold Schwarzenegger 饰）奉命捉拿乔治亚毒贩集团，然而在围捕行动中，德戈战友身亡，毒贩头目逃脱出国。不久，在美国芝加哥，苏联毒贩维特落网，美苏两国达成协议，德戈由莫斯科赴美押送维特回国，美国方面派出警探雷塞克（詹姆斯·贝鲁什 James Belushi 饰）担任其助手和翻译。不料维特再次在同伙的配合下成功逃脱，德戈至此不得不向美国方面吐露了维特的真实身份，并与雷塞克合力追踪维特。苏美两国的差异在德戈和雷塞克身上不时体现，然而两员悍将很快弥合差异，精诚合作追索毒枭……
