时间为战国时代，世上所具有的各种魑魅魍魉、异形妖怪等非人灵力生物总称为”暗“。喜欢人类的暗——妖狐玉，以及厌恶人类的仙道——迅火，成立了名为“救世姐弟”的组合进行著扫荡罪恶的救世活动，途中遇上了武士兵头真介。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们为了消灭对人类作恶的暗“障怪”的以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
“我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界来的人、超能力者，就尽管来找我吧！以上。”这位就是在开学的自我介绍中，发言惊爆的凉宫春日。对于平淡无聊的日常生活无法忍受的她，创立了一个不可思议的社团——让世界变得更热闹的凉宫春日的团，通称SOS团。 虽然同班同学阿虚、寡言读书少女长门有希、萌萌学姐朝比奈实玖瑠、神秘转校生古泉一树等人都被她牵扯进来，但是阿虚以外的三人却有着凉宫春日不知道的大秘密。
「抜けさせてもらう！」―― 赤魔道士のユークはそう啖呵を切って、5年間在籍したAランクのパーティ「サンダーパイク」を離脱した。彼は、他のメンバーから過小評価、否、バカにされていたことに耐えきれず、ついにその地位を捨てたのだ。 パーティを探していたユークはマリナ、シルク、レインという元教え子3人と再会し、彼女たちのパーティに加入した。「先生」と慕ってくれる彼女たちに励まされ、ユークはその規格外の魔法力とスキルを存分に発揮し、マリナたちの能力を見事に引き出すことで次々にクエストを達成。そして、配信用魔法道具（アーティファクト）「キャメラット君」による“冒険配信”を通じて、パーティ「クローバー」は世間に名を馳せていく。 そんな「クローバー」の夢は最難関迷宮【無色の闇】の踏破。それを叶えるため、様々な迷宮（ダンジョン）に挑戦するが、徐々に世界を揺るがす混沌へと巻き込まれていく――
