成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
故事发生在洋溢着青春气息的神奈川高中内，祇园健次（千叶翔也 配音）是刚刚进入这所学校就读的高一新生，在阴差阳错之下，他结识了名为石清水澄明（安达勇人 配音）的男生。石清水澄明虽然拥有高大壮硕的身材，性格却格外的懦弱胆小，刚进学校没多久就遭到了高年级同学的霸凌，健次身材娇小，但脾气却很爆，多亏了有他的帮助，石清水澄明才勉强脱身，健次也因此得到了加入橄榄球社团的契机，成为了一名橄榄球预备队员。 在球队里，健次结识了很多志同道合的伙伴，最为年长德高望重的赤山濯也（细谷佳正 配音）、整天笑嘻嘻的好好先生八王子睦（逢坂良太 配音）以及拥有丰富的比赛经验，性格十分傲慢的大原野越吾（小野贤章 配音）。
在墨西哥的原始森林里，Sacha（艾丽西亚·希尔维斯通配音）和Manu（德雷克·贝尔配音）是一对十分要好的朋友，他们每天在丛林里奔跑嬉戏，活的自由自在，仿佛世间从未有过任何纷扰。生性活泼好动的Manu对一切充满了好奇，这天，他不小心弄坏了一尊雕像，这尊雕像原本是供奉给森林之神的，闯下大祸的Manu就这样遭到了驱逐，被逐出森林的Manu再也不能与Sacha在一起了。这天，没有Manu陪伴的Sacha被狩猎者捉住，为了救出Sacha，也为了保护同伴赖以生存的森林，Manu开始了自己的作战计划！
