旅途危机！圣芙蕾雅号特别事件

　　藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。
　　《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？
　　AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。

　　相原琴子（水树奈奈 配音）是一个各方面都非常普通的女子高中生，刚刚升上高中的时候，她对在学校有着极高人气的校草级帅哥入江直树（平川大辅 配音）一见钟情，而如今已经是一名准毕业生的她和直树之间依然有着非常遥远的距离。难道这样的状况要一直持续到毕业吗？焦急的琴子不管不顾的递出了情书。没想到，直树连看没看就残酷的拒绝了琴子的表白。
　　失落的琴子回到家中，当晚发生了大地震，琴子的家在地震中毁于一旦。父亲重雄（岛田敏 配音）将琴子托付给了自己的好友，没想到这名好友居然就是直树的父亲！就这样，琴子和朝思暮想的直树开始了同居生活，而在朝夕相处中，直树是否会对琴子的印象有所改观呢？

　　泡泡（伍凤春 配音）是一条十分平凡的小鲤鱼，某日，它的家乡鲤鱼湖遭到邪恶的赖皮蛇（贾小军 配音）的祸害，无奈之下，泡泡只能背井离乡，过起了颠沛流离的生活。泡泡得知，唯有借助龙的力量才能够打倒赖皮蛇，于是踏上了寻找龙鳞的旅途。
　　沉默寡言稳重可靠的阿酷（李金艳 配音）、歌声优美动听但身体孱弱的小美美（陈红 配音）、耳根软，丝毫没有主见的双面龟（张云龙 配音），泡泡一路上结识了这些性格迥异但都同样善良的伙伴们，彼此成为了最坚持和稳定的依靠，众鱼在历尽艰险受尽迫害的过程里建立了深厚的感情，亦磨练了意志。最终，泡泡成功的找回了散落各处的五片龙鳞，来到了赖皮蛇的面前。

　　娇小害羞的千濑（前田亚季 饰）一直暗恋着同班同学修次（洼冢俊介 饰），终于，在鼓起勇气向修次表白之后，千濑和修次之间纯白的爱情之花绽放了。一天，札幌的上空突然飞来了大量的轰炸机，战争开始了，也就是从那时起，修次发现了深藏在千濑体内的秘密——向来人畜无害的千濑竟然被军方残忍的改造成为了“最终武器”。
　　尽管心中充满了恐惧与不忍，但只要遭到了攻击，千濑的身体就会不受控制地做出自卫反击，就这样，在短暂的幸福之后，千濑绝望而又无助的，作为兵器的余生开始了。看着身体和心灵都千疮百孔的女友，修次无法说出宽慰之语，他只能通过行动，默默的陪伴在千濑的身边。