本片讲述的是几个小孩子智斗小偷的故事，滑稽搞笑呆头呆脑的小偷被一群聪明伶俐、擅于就地取材的小孩子所制服，这群小孩利用自己手中的弹珠、弹弓、水枪、航模飞机等当武器，使用调虎离山之计，成功守护了被小偷差点偷走的国宝”小佛像”。
故事设定在奈良葛城地区的一家图书馆中，描写新人职员的成长物语。
故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。 卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……
人气主播“窗户帘儿”被地主老婆指婚嫁给了不解风情的丈夫“武大三粗”，婚后生活如白开水般无味。武大三粗是个一心只懂做好烧饼卖钱，再买首饰讨好妻子的低情商直男，且患有性瘾，经常令窗户帘儿羞愤不已。当地的大网电影院老板——风流倜傥的“东门坎”，在“王婆”的撮合下对窗户帘儿一见钟情。东门坎的真心感动了窗户帘儿，渴望自由的两人设计让武大三粗喝下毒药。上山打鼠的武木公知晓哥哥去世的消息后悲愤不已，胆小的他决定成为真正的英雄……
Joe（鄧光榮飾）為人正直、有義氣、處事從不拘泥苟且。Joe之兄長誤交損友，被亡命之徒所謂「兄弟」（張國柱、江富德、周比利分飾）陷害，身陷囹圄。Joe替其兄不值，向匪徒討回其兄應得之鉅款，豈料匪徒們因財失義，頓起殺機。Joe不防暗箭，急逃以避其鋒。危急之際，幸遇一美麗動人的芭蕾舞教師Ann（鄭文雅飾）義助，得以脫險……
台湾一个小渔村，女孩阿北（舒淇 饰）一直在这里过着平静的生活。直到有一天，她在海边拣到了一个由香港飘过来的玻璃樽。玻璃樽里有一张香港男孩写的纸条：“我很寂寞，你呢？”，里面还留了他的住址和联系电话。于是，阿北开始在满怀憧憬中来到香港寻找这个男孩。 根据地址，阿北找到了男孩阿波。阿波为阿北的勇气所折服，收留了她。经过一段时间的接触，阿北惊奇地发现阿波原来是个同性恋，根本不是自己心目中的白马王子。这时，阿北遇上了心中的白马王子――金融奇才阿祥（成龙 饰）。为了接近喜欢追求刺激的阿祥，阿北谎称自己是黑社会老大的女儿。于是，一场意想不到的经历发生了。
Jerry（郑伊健 饰）、Cherrie（郑秀文 饰）还有许乐（葛文辉 饰）是好朋友，Jerry和许乐一直把Cherrie当成是“兄弟”，所以Jerry完全不感受到其实Cherrie很早就喜欢上自己，而且凭着帅气的外表结识了众多女友。后来认识了Jerry认识了芳芳（梁咏琪 饰），并产生了感情，Cherrie看到Jerry认认真真的谈起恋爱来，心里很不是滋味。直到芳芳决定出国留学与Jerry分手，Cherrie才敢说出自己的爱意。
在多年以前,有一位退役士官长一生参军，精于带兵作战经过大小无数战役，战功彪炳。后来在一次战役中受伤成为独眼跛脚，因而退役。但是士官长的内心还是念着过去带兵作战的生活，他为了培育下一精英，磨练他们，教育他们而成一群天真而勇敢的娃娃兵！
