少年武者云青岩于三年前人间蒸发，实则被卷入仙界三千年并成为十大仙帝之一的云帝，却因厌倦仙界的尔虞我诈和对家人的思念，不惜一一切重返人界，不料双亲和胞妹竟诡异失踪，而他在时空穿行中历经磨难修为几乎归零，各大势力趁机围猎而来!云青岩凭借超凡的仙帝天赋踏上一场重振家族、寻找亲人、整顿凡人界的冒险之旅。
故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
神秘组织·GOD看中了神敬太郎博士的人类工学技术，逼迫其加入，教授拒绝而遭袭击，儿子神敬介也被杀害，身受重伤的父亲为了让儿子复活，不顾自己的伤势，亲自执刀为儿子进行改造手术。敬介醒来后，父亲已死，透过计算机留言，敬介了解GOD欲危害世界的阴谋，于是背负起对抗邪恶的责任，成为第五号的假面骑士·假面骑士X。
平凡而稍有些内向的女高中生·圣川诗杏，在和平常一样玩着音乐游戏《SHOW BY ROCK!!》的时候，被吸入了游戏的世界，并以游戏中的女子乐队“Plasmagica”成员希安的身份乐队出道。在感到困惑的同时，她也在通过音乐而成长着。
