2018年的某一天，少女们和另一个世界的“自己”相遇了——。 高中生土宫明日架与朋友们隶属“矿石电台研究会”，在一次游戏中，她们效仿都市传说举行了“某个仪式”。不料仪式打开了平行世界，她们踏入了与日常截然不同的领域，新世界的大门就此打开。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
电次是个背负了父亲遗留下的庞大债务，因此过着极端贫穷生活的少年，他救了恶魔啵奇塔，并与它一起以恶魔猎人的身份斩杀低阶恶魔来换取酬劳。有一天，流氓骗了电次，让他成为一堆恶魔的祭品，电次在临死之际，啵奇塔牺牲自己，把心脏给了他，让他复活并拥有了恶魔的力量，只要一拉位在心脏那边的链子就能发动。之后电次被公安人员看上，因此成为公安的恶魔猎人……
高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。 个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？
憧憬成为帅气的大魔法使的赛特， 为了打倒来自天空的怪物涅墨西斯，每天都在努力的进行魔法特训， 但赛特的训练一直不顺利，总是引起纠纷给村子里的人添麻烦。 某一日，巨型涅墨西斯袭击了村子， 为了拯救世界彻底消除涅墨西斯，赛特下定决心去寻找传说中涅墨西斯巢穴地， 在旅途中赛特不断的遇到新的伙伴与新的强敌不断的成长。
供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命臭气的肉身工厂，对此毫不自知的信男却按照上司命令将药品样本送往东京总部，一路上引起大面积恐慌，军方不得不派出大批军队半路截杀信男
