故事发生在箱庭学园，黑神目泷（丰崎爱生 配音）是学园一年级的新生，作为学校里的学生会长，黑神拥有完美的外表，优异的成绩，强健的身体和丰厚的家底，如此完美的女神，在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢？ 人吉善吉（小野友树 配音）是黑神的青梅竹马，两人从小玩到大，彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长，黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”，同好友阿久根高贵（浪川大辅 配音）、喜界岛枫夏（芽野爱衣 配音）等人一起，解决校园中的各类疑难杂症。然而，随着黑神的势力越来越大，一些不友好的声音随之而来。
20世纪60年代初，从二战的沉重打击中复苏的日本，正以极快的速度在世人的注视下重新确立自己的地位。位于横滨某个海港小镇，松崎家四姐弟和住客过着平凡的生活。16岁的姐姐海（长泽雅美 配音）照顾所有人的衣食起居，清晨则例行升起祈愿平安航行的信号旗。偶然的机会，海结识了同校新闻部的男孩风间俊（冈田准一 配音），校园生活平添一道靓丽的色彩。与此同时，东京奥运会召开在即，学校内俊和一群好友所栖身的古旧建筑“拉丁区”面临拆毁的命运。为了保护心中的圣地，俊、海以及同好们联合起来。在此过程中，他们心中某种隐秘的情愫悄然滋长，但是意想不到的命运却挡在了彼此的面前…… 本片根据根据高桥千鹤、佐山哲郎1980年1~8月发表在少女杂志《好朋友（なかよし）》上的同名漫画改编。
第一部分：假面骑士Decade ～完结篇～ 骑士大战终于开始，世界的破坏者Decade将假面骑士们逐一打败。夏海为了阻止士而和KIVA-LA订下契约，变身为假面骑士KIVA-LA与Decade展开战斗。最终，KIVA-LA一剑刺穿了Decade……各骑士的世界恢复了原样，但Decade的世界却消失了。哀伤的众骑士一起回忆与士并肩作战的日子，而此时，过去的士从各人的回忆中复活！另一方面，超级死神博士与佐鲁大佐、蜂女共同组建超修卡，并制造出Neo生命体杜拉斯…… 第二部分：假面骑士W ～Begins Night～ 鸣海侦探事务所这次受“风都”人气歌手安纱美所托，负责调查安纱美亡姐突然出现的不可思议事件。在调查过程中，已去世的前所长鸣海庄吉竟然出现在翔太郎他们的面前，并变身为假面骑士Skull与之战斗。在与庄吉战斗的时侯，翔太郎逐渐回忆起庄吉逝去的那一夜，也是他与菲利普共同成为W的那一夜…… 第三部分：MOVIE大战2010 Decade与W命运般地相遇，并与全平成骑士一同对战超修卡的巨大要塞！
