故事发生在1941年的中国，举国上下都顽强的抵抗着日寇的侵略，在平山团的英勇战斗中，日方节节败退。于是，狡猾的日寇将进攻的目标对准了平山团战士们的家乡——南滚龙村。王二小是生活在那里的一个平凡的小男孩，却有着满墙的热血和国人的胆识。敌人的到来让他失去了赖以生存的家园，他发誓一定要为死去的亲人们报仇。 一天，王二小在村子里遇到了受伤的日本士兵，士兵抓住了王二小，以性命相威胁命令王二小领他们去寻找藏在村子里的八路军。王二小表面顺从，实际上却带着日本人在村子里一遍一遍的兜圈子，与此同时，他的好友枣花则暗中通风报信。
阳光明媚、寂静平和的海滩，一群小海龟孵化出壳，他们摆动着稚嫩的臂膀，奋力向大海爬去。名叫萨米（比利·安格 Billy Unger 配音）的小海龟最后爬出蛋壳，但是他怎么也无法爬出沙坑。焦急时分，塞米更被海鸟捉到空中，眼看就成为了对方的点心。混乱之际，他结识了美丽的女孩莎莉（伊莎贝拉·弗尔曼 Isabelle Fuhrman 配音）。此后，他乘坐轮船的碎木板像海洋中心飘去，偶然遇到了他一生的好朋友雷。 在此后的50年里，两个小家伙乘坐破木板周游世界，见识了海洋各处的美景奇观，也经历着人类为了私欲对海洋做出的无可弥补的破坏，他们的冒险从未结束……
在一张古老而又神秘的地图上，记载了传说中未曾有人见到过的特异精灵，这张地图的现身，在宇宙中掀起了一场腥风血雨。平凡的机械师小墨（杨欧 配音），在误打误撞之中被卷入了宇宙海盗美利图（杨梦露 配音）一手策划的阴谋之中，遭到了对手的俘虏，赛尔号陷入了前所未有的危急情境之中。 懦弱胆小的播音员乔森（杨海音 配音）、自吹自擂的厨师老汪（刘钦 配音），小墨必须和这些看似非常不靠谱的同伴们结成同盟，对抗强大而邪恶的银河美利图军团，他们的存在，成为了赛尔号的最后一层防卫。最终，平凡的小人物们是否能够凭借着他们的智慧和勇气，打败邪恶，传播正义呢？
