故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……
双亲因飞机失事而去世的龙一&虎太郎兄弟。收养了这两人的是，同样因事故而失去儿子儿媳的森之宫学园理事长。但条件是，龙一必须在学园内设置的保育室负责照顾小孩！为了做母亲的老师而在学园内设置的保育室。为了补足那里的人手不足而创设的“育儿部”，龙一成为了部员第一号……！？
统一历1923年6月。金发碧眼的幼女，谭雅·提古雷查夫，正作为部队勤务的一环而在北方军管区诺登战区第三巡逻线进行帝国军士官学校最终课程的研修。作为航空魔导师向着光辉履历踏出第一步的研修，平安无事地结束——本该如此。但事态却向着超出预料的方向转变。以协约联合的越境侵犯为契机，帝国与协约联合进入战争状态。随着转移至战时体制，谭雅被交付了观测任务，但协约联合军发动奇袭，谭雅陷入不得不与敌军魔导师中队单独交战的事态。敌众我寡，就连在我军抵达之前牵制敌军都无法做到，但逃跑的话则难免敌前逃亡的死罪，她面临这种绝望的状况。为了无论如何存活下去，并在面对高层时做到最好的应对，谭雅使用了某个战略……。“那是，披着幼女皮的怪物——。”
雏见泽是一处坐落在群山环绕之间的僻静村庄，淳朴的民风使得这个古老的村庄一直以来都保留着祖先时代的祭祀习俗，称为绵流。昭和58年的一个夏天，这个村庄迎来了一个新的居民：少年前原圭一（保志总一朗 配音）。新的环境让圭一有些不太能适应，但在结识了温柔的龙宫礼奈（中原麻衣 配音），活泼的园崎魅音（雪野五月 配音），外表孱弱却内心坚强的北条沙都子（金井美香 配音）和古手梨花（田村由里香 配音）后，新的生活很快便如火如荼的展开了。 随着时间的推移，一年一度的绵流祭奠即将开始，然而在此热闹之际，圭一却听闻了一些雏见泽不为人知的过去，以及历年来绵流祭奠所带来的，一人失踪一人死亡的被称为“神隐”的恐怖事件。这些传闻是虚是实？过往单纯快乐的生活是真是假？作为一名“外来者”，前原圭一出人意料的逐渐接近了某个重大事件的真相。
