交锋联盟…那是所有斗士梦寐以求的顶点之战。 现在，就在这个瞬间，在各个『战区』中，赌上交锋联盟出场权的热血预选赛正如火如荼地展开。其中一个战区『GGG』，也正在开展预选赛『机巧一族杯』，斗士们利用自己引以为傲的机械装置展开激斗。 获胜的关键在于和队友们的联机，以及战略。 能够轻松挥舞巨大机械装置的少女“板手G 莲琪”所率领的「涡流」，也是其中一支追梦的队伍。但是，在热斗正酣之时，一位神秘的少女闯了进来。这一次邂逅，将会逐渐改写莲琪、涡流以及GGG的命运！
健二和雪希是情同手足的兄妹两，日和是两人青梅竹马的好友，三人常常聚在一起打发空闲的时光，留下了十分美好的童年回忆。然而，某一天，日和突然不告而别，没有留下任何联系方式，也没有告诉健二和雪希自己要搬到哪里去。就这样，日和仿佛蒸发了一样从兄妹两人的生命轨迹中消失了，两人关于日和的记忆也随着时间的流逝而渐渐淡去。 一晃眼多年过去，健二和雪希都考上了高中，即将开始洋溢着青春气息的高中生活。一天，健二房间的衣橱里发出了奇怪的声音，让健二没有想到的是，打开衣橱后，里面躲着的竟然正是日和。和他的突然消失一样，日和突然回到了健二和雪希的身边。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
突如其来的科技文明，让战争迷雾笼罩着九州大陆全境，魔法与科技的奇妙组合成为君王心中统御天下的王道。然而，从太古时期便销声匿迹的古老神符，它们诡秘的力量在历史尘埃的阴暗面里，悄无声息的操控着整个大陆的命运
