自从人类的和平与幻想被超大型巨人打破的那天起，艾伦·耶格尔便每天持续着没有尽头的战斗。因为眼睁睁地看着无力抵抗的母亲被巨人吃掉，艾伦发誓要将世间的巨人一只不留地驱逐出去。但是，在严酷的战斗中，艾伦自己也变成了巨人。为了人类的自由，艾伦施展着巨人的力量，并在希娜之墙的史托黑斯区和女巨人发生了激烈的冲突。在这场巨人间的战斗中，艾伦最终胜出了。即便如此，艾伦以及人类的休息时刻也不会到来。下一轮的战斗已经宣告开始。对于逼近罗塞之墙的巨人大群，人类将如何面对？
有一天，小行星熊玛利亚星在宇宙的某处爆发，成就一群坠落地球的流星，使地球各处的熊发生异变。熊大举进食人类，人类再报以还击，结果造成没有战果和充满仇恨的恶性循环，直至两边不约而同筑起断绝之墙，期望以后互不侵犯……一天早上，呼啸山庄学园的学生——椿辉红羽和泉乃纯花，在学园的百合花坛里一同看见百合之花。二人于是成就“既为朋友，亦为恋人”的关系，并将花坛视为最重要的地方。就在此时，熊警报突然响起，揭示对方再度入侵人类世界，准备陷入混战。揭示这些熊的真实身份和目的之时，新谜题的出现带来新一波的怒涛，揭开背后华丽的每一幕……
电视剧版《功夫熊猫》集中讲述了熊猫阿宝在成为“神龙大侠”不久后又面对的重重艰难考验，剧情将填补两部电影版《功夫熊猫》之间的空隙，人物设定将沿用电影版，“中国元素”仍将成为其亮点。此外，电视剧版《功夫熊猫》中将出现不少新角色，“他们大都是反派，功夫盖世，对阿宝造成不小的威胁。”
