故事发生在一处温馨但偏僻的田园小镇奥木染，双亲过世的少年春日野悠（桥本隆 配音）带着体弱多病的妹妹春日野穹（田口宏子 配音）千里迢迢的来到了这里，准备寄宿在祖父留下的房子中。虽然照顾妹妹的起居很辛苦，但悠还是拥有了一段难得愉快的时光。在这里，悠遇见了幼年的玩伴天女目瑛（阪田佳代 配音），成熟温柔的姐姐依媛奈绪（猪口有佳 配音），认真可爱的大小姐渚一叶（小野凉子 配音）等热情亲切的朋友们，还有同班损友中里亮平（中国卓郎 配音）的插科打诨让他笑口常开。同时，一些模糊的回忆逐渐的浮上了心头，是和谁有过怎样的约定呢？面对着面前似曾相识的风景，悠的记忆开始苏醒。
这是一个除恶惩奸而又搞笑的童话故事，故事里的角色全部是可爱的水果，所有动画都以三维制作完成。 “果冻三剑客”是果冻武术学院里的三位学生，三人来自完全不同的家庭背景：橙留香来自三流剑客的家庭；菠萝吹雪来自普通的老百姓家庭；陆小果来自豪门世家。他们三人一个想成为国家栋梁；一个想成为百万富翁；一个想有很多永远都吃不完的食物。在习武的过程中，三人闹了许多笑话，老师对他们三人是又气又爱，三人经过苦练，最终通过了学院老师各种艰难的测试和考验，可以下山了！ “果冻三剑客”的对手是四大恶贼“贼眉鼠眼”“认贼作父”“乱臣贼子”“天下无贼 ”，他们平时无恶不作，扰乱社会治安，欺行霸市，果冻三剑客挺身而出，让他们的计划一次又一次落空。最后，四大恶贼恼羞成怒，聚集到一起，发誓要打倒果冻三剑客。 并且他们还有一个更大的阴谋，就是要出卖国家的边防地图来换取敌国的巨额报酬。为了国家安危，果冻三剑客当然挺身而出，并与四大恶贼展开了多番较量。从山寨斗到京城，又从京城斗到边疆，最后三人终于打败四大恶贼，成为民族大英雄。
