在新季节里，三云队为了晋级A级以及选拔远征部队而参加B级等级战的时候，受到了近界最大军事国家阿富特克拉德命令的附属国加罗普拉出现，急袭本部。 从被绝密召集的边界精锐部队的迎击战中拉开帷幕。 从率领着大量特立恩兵的加罗普拉的进攻中，边境能守护本部吗！？ 随着动画的发展，动画世界也越来越热闹。
某所中学，总是被邻座的女生高木同学捉弄的男生西片。他为了对此反击而用尽计策，却总是被高木同学看透。季节轮回，升入2年级的西片，这一次他是否能够顺利反击高木同学呢…？ 「令人心动的微笑」必至，先害羞就输了的“捉弄大战”第2轮比赛终于开幕！
高中毕业前最后的暑假，富樫勇太（福山润 饰）和小鸟游六花（内田真礼 饰）依然过着平静的生活，只是两人的关系似乎没有更进一步的苗头。在此期间，六花的姐姐十花在意大利找到工作，遂决定举家迁往海外。而面对重度中二病患者的妹妹——连上大学都成问题的六花，作为姐姐的十花无论如何不放心将她一个人留在日本。得知要和六花分开，勇太内心充满焦灼。 担心二人的丹生谷（赤崎千夏 饰）想出个馊主意，于是这对少男少女展开了足迹遍布全日本的私奔之旅……
在忍之谷附近的一个山洞，发现不明物体似向某个地方传达讯息......另一 边在疾风流忍术学校忍风馆，馆长日向无限斋为应付五百年一次的忍术比试，开始教导众学员。突然间发生地震，结界被破坏，宇宙忍群邪神者出现并将所有疾风流学员杀光。幸好无限斋的女儿胧把残存的三名学员鹰介、七海及吼太救出，并任命他们成为传说中的继承人Hurricanger (忍风战队) 。 邪神者为了得到“那个”，忍风战队便阻止他们。在战斗期间出现了两名神秘战士，他们自称为轰雷者，原来是另一 派迅雷流生还的霞兄弟，但是他们憎恨疾风流并以他们为敌。为了达到邪神者同一目的，于是不断刁难忍风战士。后来他们因被利用而心心不忿，和得到鹰介三人体谅，最终两大流派一起联手对 付邪神者，并成功消灭其中一名宇宙忍者。 五位忍者战士受了中忍一击，生命危在旦夕，接近死亡边缘之际，绿之光弹手里剑者及时出现救活他们， 因为他的出现，不知道其身份只靠变装执行任务，他的主人就是宇宙统一忍者流的始祖觉罗。所有宇宙忍者被击败， 其后“那个”迫近，鹰介及忍者们全力去阻止地球变成黑暗世界。 经历战事过后，这班年青忍者明显成长了，忍术学校的毕业典礼顺利完成。
