全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
某日，仙子莱拉从达卡魔王手中逃脱，昏迷在树林边被蕾儿的神奇仙子所救，之后加入神奇仙子并跟着就读艾菲城学院。而三妖后被安置在光圣修道院进行感化教育。
所谓勇者，是世间最为残酷的刑罚。犯下大罪之人被制造为“勇者”，其刑罚便是和魔王战斗。哪怕死了也会被复活起来，无法享受死亡的安宁。被判处勇者刑的前圣骑士团团长赛罗·弗巴茨，率领着由各种性格古怪之人构成的刑罚勇者部队，奔走于战斗的最前线。在残酷的战场上，赛罗与最强的生物兵器之一，剑之“女神”缇欧丽塔相遇了。“在将敌人歼灭之后，要为我献上赞赏……以及抚摸我的头。”为了活下来，以及报复陷害自己的人——赛罗与“女神”订下契约，在这令人绝望的世界中，投身于炽烈的斗争与阴谋的漩涡。
