22接到游戏公司邀请，参与他们研发的虚拟现实游戏《盒中海》试玩。游戏世界里的南方沿海渔村，村民们把各家各户供奉的神像请上街来“游神”庆贺元宵。22和其他3名测试玩家发现一位未曾见过的女性神明“慈舟圣姑”。随着深入探查“慈舟圣姑”的来历，他们逐渐发现来自游戏外的人为篡改痕迹，有一个神秘的力量在潜移默化影响游戏里的npc。另一方面，22的妹妹33也在游戏外发现员工的蹊跷行为。居心叵测的公司企业、悄悄策划神秘仪式的npc渔民、还有似乎各怀秘密的同伴。一个多方势力交织的巨大阴谋渐渐浮出海面。
ブシロードのトレーディングカードゲーム「カードファイト!! ヴァンガード」を原作とするテレビアニメ・シリーズの第五期。第四期で一区切りを迎えた物語からは大半の登場人物が入れ替わり、主人公の新導クロノを中心とする新たな物語へと突入する。本作から梅本唯が新たに監督を務め、シリーズ構成は「ラストエグザイル -銀翼のファム-」「悪魔のリドル」の吉村清子にバトンタッチされた。キャラクターデザインは引き続き、とみながまりが担当している。 ある日、中学生の新導クロノは下駄箱に謎のカードの束と一枚の地図が置かれているのを発見する。それは“ヴァンガード”というカードゲームのものであり、“ギアクロニクル”と呼ばれる誰も見た事のない幻のカードだった。“ヴァンガード”の世界を知り、綺場シオンや安城トコハとの出会いを経て、クロノの運命は大きく動き始める。
