从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
中学时经历了100次失恋的爱城恋太郎，怀着“这次一定要在高中交到女朋友！”的心愿来到神社，现身的恋爱之神告诉他：“你在高中将会遇到100位命中注定之人。” 然而神明表示，遇到命运之人的人，如果无法与对方相爱并获得幸福，就会死去…… 接连不断出现的与命运之人的相遇——恋太郎会怎么做？100位女朋友又会有怎样的结局！？
与白色彗星帝国作战三年后——为了拯救濒临灭亡的加米拉斯民族，戴斯拉总统继续探索新的母星，最终在银河的一处找到了符合条件的行星。但是，那里是强大的星际国家的领土范围内。在银河中爆发的领土纷争，导致与加米拉斯缔结安全保障条约的地球被无情地卷入到了其中。给地球带来军事、经济优越性的时间断层技术，以自己的生命为代价而消失了——虽然被自责的念头驱使着，但依旧担任着大和号新舰长的古代进，为了应对即将到来的事件，和新船员们一起开始了航海训练。却也不知道其中混进了什么人在盯着自己。尽管如此还是要“活下去”?在从未有过的不安时代，大和号迎来了新的旅程。在那前方，有着超乎想象的新敌人在等待着他们……
2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！
