一个身怀绝技的少年，没能通过遴选走上修真者之路，就在他调整好心态，接受这一事实的时候，几颗神秘的骰子突然出现，他突然拥有了神奇的能力，被赋予重建神族的使命，少年的人生由此改变。一个深藏于心的秘密，一种叫大龟甲术的游戏，九颗神秘诡异的骰子，神之血脉的继承者，重建神族的使命。
精灵——是一种化身为纯洁无暇的少女形态的异世界生物。但是，与惹人怜爱的外表不同的是，她们还是拥有强大力量的可怕存在。要想让她们失去战斗力，只有两个办法。一是使用武力歼灭她们，二是——和她们约会，让她们春心荡漾。就读于来禅高中的普通高中生五河士道，自从邂逅了精灵“十香”后就掌握了“封印精灵力量”的方法。精灵们虽然拥有强大战斗力，但是却被别人厌恶、惧怕。她们一直孤独地战斗在死亡的世界中。全世界唯一有能力封印精灵的士道为了拯救她们，带着赴死之心与美丽的精灵们的进行战斗（约会）——想要歼灭精灵的人，想要拯救精灵的人，心怀憎恨的人，想要利用她们的人。在各种各样的目的交错中，真正威胁世界的人从黑暗深处现身了。士道终于知道了自己真正的身份，急速发展的故事就这样即将走向结局。
こんな未来があったらいいな、と思わず言いたくなるような近い将来のとある港町――萌桜町。 町の顔ともいえる電子機器メーカーの大手ＡＭＢカンパニーが、動物によるアニマルセラピーならぬ 美少女アンドロイドによる萌えセラピー効果を狙いとした新サービス、『萌えＣａｎちぇんじ！』をスタートすることが発表され、 おおいにわき返る町の一角でその広報を担当する、通称「ナビ嬢」に選ばれた喜屋武知恵と萌木杏奈は今日もリハーサルに励んでいた ――といってもノリノリなのは知恵だけだったが。そんな二人の仲睦まじい（？）様子を物陰から伺う人影が。 不思議な力を発揮するスマートフォンや食べたらびっくりのケーキ屋さんに迷いこんじゃったりと、 二人のまわりでは次々とトラブルが巻き起こっていく。裏で暗躍する（？）謎の二人組もいて…… 人気携帯ゲーム『萌えＣａｎちぇんじ！』の世界観を、キャラクターたちのひと騒動を通して描くフレアイパワフルコメディＯＶＡ。 ──世界は萌えで変革する──
