《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
时间为战国时代，世上所具有的各种魑魅魍魉、异形妖怪等非人灵力生物总称为”暗“。喜欢人类的暗——妖狐玉，以及厌恶人类的仙道——迅火，成立了名为“救世姐弟”的组合进行著扫荡罪恶的救世活动，途中遇上了武士兵头真介。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们为了消灭对人类作恶的暗“障怪”的以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢。
战国时期，老爷曾经像魔神一样活跃，但那个时代已经过去了。老爷已经彻底堕落，住在贫民窟里，过着穷困潦倒的生活。这时候他遇到了一只狗，并可怜这只奇怪的短腿动物，向它伸出了援助之手，但是……他的新家臣的调皮行为让他受到了各种各样的摆布！
这个社会是否平等呢。真正的“实力”是什么？
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结城梨斗（渡边明乃 配音）是一位平凡的高中生，暗恋着青梅竹马西连寺春菜（矢作纱友里 配音），然而，腼腆的梨斗决心将这份真挚地感情深深埋藏在心底，每日只是在角落里偷偷地凝望着自己的女神。某日，一位名叫菈菈·萨塔琳·戴比路克（户松遥 配音）的外星女王突然从天而降，成为了梨斗的同居人，就这样，梨斗开始了和菈菈一起的没羞没臊地生活。金色暗影（福圆美里 配音）本是为了暗杀梨斗而来的宇宙第一杀手，却莫名其妙地留在了地球，为了让金色暗影重新返回杀手界，黑咲芽亚（井口裕香 配音）被派出来到了梨斗的身边，这一次，又会有怎样有趣的故事发生呢？
该剧目前还未确定具体集数，如果你知道，欢迎
末日来袭，超级农场绽放光芒。物资尽揽，美女在旁，开启别样生存路。
三只靠唱戏维持人形的小妖，为求生计勇闯魔都投奔白素贞，意外因花鼓戏走红——但流量反噬来得比走红更快。盘丝互娱老板蜘蛛精布局陷害，竞品围剿加水军抹黑，三妖被踹回原点。逃进一座闹鬼老戏院后，他们遇上画皮妖，也撞上一个时代难题：老戏曲如何讨好新观众？于是三妖踏上了遍访各派戏曲的拜师之路——但这趟寻戏之旅，真能如愿吗？
第二卷 神灵 发生在平息了共和城平隐会的暴乱后6个月，本季科拉将离开共和城，前往北极水族和南汽和寺，探索灵界，解决神灵与人类之间的冲突。新登场的人物除了科拉的父亲外，还有叔父unalaq以及他的双胞胎儿女，商人varric，以及初代神通wan。
半月关之事告一段落，谢怜受神武大帝君吾的传唤回天庭述职，却意外得知有神官在鬼市附近施法求救。而鬼市如今的主人“血雨探花”花城，正是七日前突然辞别的红衣少年三郎。此事疑点重重，谢怜自愿请命，与风师青玄、东方武神郎千秋一同秘访鬼市探查真相……
解决掉「不净冥王」的驱魔师私塾众人，从京都回到了正十字学园。「校园七大不可思议」、「学园祭」相继到来，等待着他们的，是欢乐的校园生活，与突然袭来的恶意。被拐走的同学、背叛的同伴、启明结社的目的.....危险而刺激的新篇，开幕！
