我一定会拯救你。 菜月昴打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当的贝特鲁吉乌斯·罗曼尼康帝，并与爱蜜莉雅重逢。两人在经历苦涩的诀别后终于和解，但那却是新的波澜的开端。 超乎想像、走投无路的危机，以及无情袭来的现实。 少年再次面对残酷的命运。
在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
电视动画《神无月的巫女》改编自日本漫画家介错原作的同名漫画。2004年6月22日，《神无月的巫女》动画官网开启。在漫画杂志《月刊少年Ace》2004年8月号（6月26日发售）上，正式发表了《神无月的巫女》TV动画化的决定。电视动画于2004年10月1日首播，全12集。远古之神"大蛇"企图灭世，因而产生了两位救世巫女。两位巫女经由不停地轮回转世，相遇后以两人之力封印住大蛇。而原本只是普通高中生、却为"日之巫女“转世的来栖川姬子以及"月之巫女"的转世姬宫千歌音，为了再次封印大蛇，不得不想办法召唤传说中的剑神"天之丛云"。大蛇的八个仆人们(人性的八个黑暗面)为阻止两人召唤天之丛云，而屡次对她们发动袭击；这时，原本应该是"大蛇"之一、排名顺序七的大神相马因为暗恋姬子已久，而背叛了大蛇的意志，屡次地拯救她们，但却又引发了另一场风波。不停轮回的两人，无法分离的命运，这是身为“神无月之巫女”的命运。
