再び大海原に飛び出した 千空達の旅路をお楽しみに‼
在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。 鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
故事发生在明治四十年（1907 年）在京都伏见居住的百川稻子什么都不擅长，每天都被父亲责骂，对于她来说的救赎就是祈祷神佛，某天一如往常她前往伏见稻荷神社参拜神明，遇到了一位自由奔放的少年坂本喜八，坂本喜八对稻子说不要信这些看不见的东西，从今之后将是电气时代。而此时稻子的 父亲对稻子说了关于结婚的事情，而且是父亲单方面决定的，稻子本来是放弃抵抗认为自己的价值就是如此，但坂本喜八打开了稻子想要离开这个家的心声，带着稻子离开了这个封闭的家。阻止结婚的方法是找出奇书《二十世纪电气目录》，那是喜八童年时代写下的关于电气的预言书，而喜八过去的哥哥清六带走这本书之后下落不明，喜八和稻子为了寻找这本奇书在京都和滋贺等地逃窜，消失的“电气目录”和其背后隐藏的秘密都等待揭开。
冷酷无情的邪恶组织参谋，某天遇见了与之对抗的魔法少女，然后对魔法少女一见锺情了。从此邪恶参谋在策划统治世界时也不忘买甜点蛋糕送魔法少女吃、在计划奴役人类时也不忘关心魔法少女、在壮大邪恶组织势力的同时也不忘和魔法少女打情骂俏。同事来帮忙就扯同事的后腿、部下抓住魔法少女就放 走魔法少女，一场最残忍最傲娇最悲戚最可爱的正与邪的搞笑战斗，在此揭开序幕！
高中生齐木楠雄是超能力者。心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等，不论任何事情都自由自在。但这任谁都羡慕不已的最强能力，实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此，他在别人面前封印了超能力，以不起眼、不和他人有所牵扯为信条，默默无闻地过日子。但不知为何，他的身边总是聚集着不可思议的人类（生物），风暴般的灾难接连不断地降临！
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