女高中生铃木的个性开朗、交友甚广、擅长察言观色，是班上的中心人物之一，她喜欢的对象是坐在自己隔壁的男同学谷，而谷的个性与铃木恰恰相反，他内敛沉稳、有主见、待人一视同仁。铃木一直无法鼓起勇气告白，直到某日一个偶然机会，两人放学回家时走在同一条路上，并因此牵起了手。之后两人相互倾诉对彼此的好感，并开始交往，而同学们虽然感到讶异，但也都很支持两人的恋情。
故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
