在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
统一历1923年6月。金发碧眼的幼女，谭雅·提古雷查夫，正作为部队勤务的一环而在北方军管区诺登战区第三巡逻线进行帝国军士官学校最终课程的研修。作为航空魔导师向着光辉履历踏出第一步的研修，平安无事地结束——本该如此。但事态却向着超出预料的方向转变。以协约联合的越境侵犯为契机，帝国与协约联合进入战争状态。随着转移至战时体制，谭雅被交付了观测任务，但协约联合军发动奇袭，谭雅陷入不得不与敌军魔导师中队单独交战的事态。敌众我寡，就连在我军抵达之前牵制敌军都无法做到，但逃跑的话则难免敌前逃亡的死罪，她面临这种绝望的状况。为了无论如何存活下去，并在面对高层时做到最好的应对，谭雅使用了某个战略……。“那是，披着幼女皮的怪物——。”
为了培养下一任皇妃，从五大名门中召集了公主们聚集的宫殿——『雏宫』。 名门之一的黄家之女，美丽聪慧的玲琳，作为“殿下的蝴蝶”备受众人喜爱。 然而在乞巧节的夜晚，她与被称为恶女、遭人厌恶的朱家之女慧月，被对方互换了身体。 当她意识到时，已被宣告即将执行处刑，陷入绝境。 但自幼体弱多病、一直与死亡为邻的她，反而为获得了健康的身体而感到欣喜—— 看似悲剧的互换，拥有钢铁般意志的玲琳，即便被放逐到破屋，也尽情享受自由，对于那些企图取她性命的人，她用天生的开朗与温柔感化他们，一次次跨越逆境。 另一方面，原本嫉妒憎恨玲琳的慧月，在接触到玲琳真实的人品后，内心也开始动摇—— 在彗星闪耀的夜晚互换了身体的两人。 从那天起，她们的命运发生了巨大的转变，最终被卷入动摇后宫的阴谋之中。 性格截然相反的少女们上演的后宫“互换”逆袭剧，盛大开幕！
在里加甸魔法学院学习的威尔‧赛尔佛特，是个无法使用魔法、所有「术科」学分通通得不到的「无能者」；但他却靠着「学科」的学分努力升上魔法学院的最高年级──驱使他这么做的，是小时候跟初恋对象爱尔法莉亚的约定！在这受到「大结界」保护的世界中，没有人亲眼看过「天空」，因此年幼的他们约定好要一起爬到魔法师之塔的顶端看真正的夕阳……为了追上成为「至高五杖」的爱尔法莉亚，天生的「战士」威尔只能拚了命地往上爬！
在火焰魔女事件之后，莫凡再次投入到魔都学府的修炼中，但就在最关键的时刻，突然传来了好兄弟张小候失踪的消息。重感情的莫凡立即停止赛程，带着魔都血族好友柳茹共同赶赴古都，闯入了正处于妖魔活跃期的中心地带。
