东京都高度育成高等学校，以升学率和就业率100%而自豪， 每个月都有相当于10万日元的积分的梦幻般的学校。 但实际上，这是一所实力至上主义的学校，只有一部分成绩优秀的学生才能受到优厚的待遇。 绫小路等人在1年级第3学期升格到C班， 第一学年最终特别考试的结果，惜败A班，再次降级到D班。 2年级从D班重新开始。 春假过后，绫小路与轻井泽成为恋人关系。 堀北与憧憬优秀哥哥·学的自己诀别。 在人际关系逐渐变化的过程中，大家升入2年级。 绫小路等新2年级生最初的特别考试， 与新生搭档进行笔试。 但是，新生中混入了月城所安排的来自白色房间的刺客——。 跨越学年的新关系带来的是暴风雨还是风平浪静？ 第2年的学校生活现在拉开了帷幕。
在前一作里，邪恶的王后最终受到了正义的惩罚。白雪公主和王子携手步入了婚姻的殿堂，过上了幸福美满的生活。然而，这如同童话一样美好的场面却并不是故事的结局，某一天，白雪公主站在镜子前，发现自己的脸上竟然长出了青春痘，不再拥有美貌的她，还能够留住王子的心吗？ 不仅仅是白雪公主，小矮人、猎人和王子都纷纷站到了他们各自人生的十字路口，是选择利益还是选择忠诚？每个人都有他们不同的见解。接二连三出现的意外并非偶然，而是一心想要复仇的王后和魔镜联手设计的阴谋。拥有着圣剑的骑士现身，他能否成为救世主？
桐人为了调查枪与钢铁的VRMMO「Gun Gale Online」里所发生的“死枪”事件而登陆了该游戏。 桐人将自己在ALO里的游戏转移到GGO里后，虽然遇上了乍看之下很容易被误认为是美少女角色的麻烦，但在经过狙击手少女诗乃的引导之后，顺利参加了决定最强枪手的PvP淘汰 赛“BoB”。 桐人在这个被枪支配的世界里，成为了唯一使用光剑战斗，并不断在“BoB”里获胜的知名角色。 他独特的战斗方式成为了玩家间讨论的焦点，知名度也不断上升。 次日，隔天举办的“BoB”正式大赛开始了。在聚集了许多强敌的“多人大混战”中，“死枪”终于现出身影。 “死枪”究竟是什么人？ “虚拟世界”真的能对“真实世界”产生影响吗？ 桐人即将独自挑战“死枪”！
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年—— 拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明—— 从石器时代到现代文明，绝对要赶上这科学史的200万年差距！ 前所未闻的创世冒险谭，就此开幕！
