在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
每天过着社畜生活的上班族佐佐木，唯一的慰藉就是常去超市的收银员山田。某天疲惫不堪的他再次前往超市寻求治愈，却发现山田刚好不在。郁闷的他试图通过抽烟缓解压力，却怎么也找不到吸烟区，还被路人投以嫌弃的目光。就在这时，一位穿着奇特的田山女士把他带到了超市后面一起抽烟。从此，他便经常跑来和田山一起吞云吐雾、谈天说地。然而这位田山女士的真实身份竟然是......
柏木空（田村睦心 配音）是一名平凡的男子高中生，因为父亲是一位冒险家，常常不在家，因此，从很小的时候起柏木空就开始独立生活，变得非常擅长料理家事。这一天，柏木空收到了父亲从埃及寄来的包裹，打开包裹后，一个小小的木乃伊出现在了柏木空的面前，看着这个瑟瑟发抖的迷之生物，柏木空哭笑不得。 就这样，柏木空开始了和木乃伊一起的生活，肩负起了照顾小木乃伊的职责。之后，更多奇形怪状的生物出现在柏木空的身边——个性暴躁贪吃又懒惰的可尼、成熟稳重智商超群的阿勇。
这一季最大的特点是像所有恶搞剧一样。。。。增加了一个无能搞怪的市长吧。
少女们投身战斗 为了重要的同伴！ 一直在相互争斗、来自5个异世界的来访者「Z/X」缔结了休战条约，人类因此回避了灭亡的危机。 主人公·各务原安昙接受青之世界的命令，与成为其搭档的Z/X·利盖尔一同前往新设的女子学校「富士御崎学园」。 在这所学园中，她们究竟会遭逢怎样的「命运」？
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
