打倒“妖神颂五力”的三年后，马场柠檬已经是国中生。某日，阿拉拉城空中突然出现了巨大奇怪物体…
哆啦A梦与大雄驾驶具有时光跳跃机能的“时光齐柏林飞船”，为了寻找自古以来许多冒险家梦寐以求的亚特兰提斯和龙宫城等每个人都曾想像过的梦幻乌托邦，在空中展开了一场大冒险。
あるきっかけで、過去の記憶をなくしてしまった貴明。そんな彼を心配しつつも、これを好機と捉えるヒロインたちが、貴明に都合のいい過去を吹き込みます。果たして貴明は記憶を取り戻せるのか、そして記憶を失ってしまった理由とは… 大晦日の夜。二年参りに向かう由真。愛佳と一緒に行くは ずだったのが、いつのまにか貴明たちと合流してしまう。おみくじで大吉を引いた由真は気をよくして、いつものように貴明に対決を挑むことになる。しかし、対決勝負の後に、由真と貴明に予期せぬ二人だけの時間が訪れる…貴明と静かな時間を共有した由真は、果たして、自分の隠された気持に正直になれるのか…
