元朝末年，天灾不断，乱世动荡，汉人饱受异族压迫，天下苍生苦盼明主。上古神器天翔五灵突然现世，江湖传言 “得五灵者，得天下”。一时间，明教、白莲教等武林势力纷纷出动，争夺至宝。大元朝廷为稳固江山，派出精锐铁骑十三翼，一面残酷镇压反元义军，一面全力追查五灵下落。就在这风雨飘摇的乱世之中，一代新天子悄然崛起，一场席卷天下、改写王朝命运的夺鼎争霸，就此拉开序幕。
故事发生在一处温馨但偏僻的田园小镇奥木染，双亲过世的少年春日野悠（桥本隆 配音）带着体弱多病的妹妹春日野穹（田口宏子 配音）千里迢迢的来到了这里，准备寄宿在祖父留下的房子中。虽然照顾妹妹的起居很辛苦，但悠还是拥有了一段难得愉快的时光。在这里，悠遇见了幼年的玩伴天女目瑛（阪田佳代 配音），成熟温柔的姐姐依媛奈绪（猪口有佳 配音），认真可爱的大小姐渚一叶（小野凉子 配音）等热情亲切的朋友们，还有同班损友中里亮平（中国卓郎 配音）的插科打诨让他笑口常开。同时，一些模糊的回忆逐渐的浮上了心头，是和谁有过怎样的约定呢？面对着面前似曾相识的风景，悠的记忆开始苏醒。
在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。 这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。 被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。 于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆， 为了对抗破坏书 中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
城市的一角，有家白熊咖啡厅。经营他的主人自然是白熊（樱井孝宏 配音）。客人从人到动物，无所不有。其中的常客当属熊猫（福山润 配音）和企鹅（神谷浩史 配音）。他们时常坐在吧台边，边喝咖啡边说着新鲜事。 熊猫在动物园做兼职，爱好是打滚吃竹叶，希望整日都可以懒懒散散的，害怕被妈妈用吸尘器吸。企鹅先生暗恋面包店的企鹅小姐，为了有朝一日带其兜风学了驾照，酝酿着告白，殊不知告白后的惨状。白熊时不时插上冷笑话，故事多多，难辨真假。除此之外，白熊咖啡厅里还有总被人忽视的羊驼、开酒吧骑机车的灰熊、打工的笹子小姐、动物管理员半田先生以及熊猫控的花店老板林林……大家围绕着白熊咖啡厅，上演着萌点满满的治愈系故事。
TV动画『入间同学入魔了』第3季制作发表
一人之下首部剧场版
