东京都高度育成高等学校，以升学率和就业率100%而自豪， 每个月都有相当于10万日元的积分的梦幻般的学校。 但实际上，这是一所实力至上主义的学校，只有一部分成绩优秀的学生才能受到优厚的待遇。 绫小路等人在1年级第3学期升格到C班， 第一学年最终特别考试的结果，惜败A班，再次降级到D班。 2年级从D班重新开始。 春假过后，绫小路与轻井泽成为恋人关系。 堀北与憧憬优秀哥哥·学的自己诀别。 在人际关系逐渐变化的过程中，大家升入2年级。 绫小路等新2年级生最初的特别考试， 与新生搭档进行笔试。 但是，新生中混入了月城所安排的来自白色房间的刺客——。 跨越学年的新关系带来的是暴风雨还是风平浪静？ 第2年的学校生活现在拉开了帷幕。
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
天道茜（日高法子 配音）和姐姐天道美（高山南 配音）、天道霞（井上喜久子 配音）以及父亲天道早云（大林隆介 配音）一起经营着属于他们的道场，一天，早乙女乱马（山口胜平 配音）和其父玄马（绪方贤一 配音）的到来打破了道场平静的生活。原来，和父亲在中国修炼的时候，乱马掉入了溺女泉，于是拥有了一碰冷水就会变身成女人的体质。在莫名其妙中，早云居然将小茜许配给了乱马，这让个性要强的小茜不能接受。 乱马就读了当地的风林馆高中，在学校里，他遇见了诸多有趣的朋友和强大的对手，在每日打打闹闹的生活上，小茜和乱马之间的感情也产生了微妙的变化。
击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。
