故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。 在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。 在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。 年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，他奇迹般地生还并毫发无伤。以此为契机，“优马”踏上了研究怪兽生物学的道路。虽然有着痛苦的过去，但优马没有失去梦想，他依靠“想象的力量”成长起来，作为新手调查员加入了“SKIP”，被分配到了星元市分所。 就在这时，星元市发生了大规模的怪兽灾害。“想要保护眼前这些穷途末路的人们!”这个强烈而直接的想法从心底涌出的瞬间，“优马”的脑海中出现了儿时见过的光之使者“卢提昂”在和他说话：“我就是你，你就是我... ... 释放你的想象力!” 出现在手中的神秘之光包裹住优马的身体，释放出的想象之力将光与人结合在一起，守护未来的光之巨人“亚刻奥特曼”变身! 优马以及亚刻奥特曼与重要的伙伴一起，追逐着永不停歇的梦想，从现在开始奔跑!
日本各地出现了异空间「魔都」── 由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力， 因此便由女兵组成了「魔防队」。 某一天， 过着抑郁生活的男高中生──和仓优希 不小心闯进了突发性产生的魔都入口， 在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香， 而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
“人类少年小鱼受邀前往遥远神秘的精灵王国，参加精灵女王的婚礼。借此机会，他终于可以见到阔别已久的精灵女友莉雅。 黑暗精灵携大军突然闯入，胁迫女王交出传说中掌控精灵命脉、拥有至高力量的生命宝玉。在遭到反抗后，黑暗精灵强行劫走了女王。 精灵王国陷入惶恐，被卷入纷争的小鱼为了保护莉雅，毅然同精灵们一起踏上营救女王的冒险，可他没有想到的是，这次征途不仅充满危险，还将是对他以及他们间爱情的巨大考验。
网游荣耀中被誉为教科书级别的顶尖高手叶修，因为种种原因遭到俱乐部的驱逐，离开职业圈的他寄身于一家网吧成了一个小小的网管，但是，拥有十年游戏经验的他，在荣耀新开的第十区重新投入了游戏，带着对往昔的回忆，和一把未完成的自制武器，开始了重返巅峰之路。
女大学生季胜男面对迷茫的未来和踏入社会的不适应感，选择放弃梦寐以求的实习机会，在大四最后一个暑假，孤身一人回到乡村老家生活，意外邂逅了祖宅中寄住着的蒲公英精灵——蒲小满。诞生于山野田园间的精灵“蒲小满”，野性十足却又纯真善良，它看待世界独特的视角、对待友谊的真诚炽烈让心灰意冷的季胜男逐渐敞开心扉，重拾对生活的自信。两颗孤独的灵魂，在觅食美味、惬意自在的田园生活中，回味旧时光，彼此温暖。但随着夏季结束，精灵蒲小满身上悄然发生着可怕的变化；另一方面，季胜男意外得到母亲病危通知，决意返回城市……夏天终将过去，迎来蒲公英绽放的秋季。或许，再见便是再也不会相见，但在这世上，我们，却并不是孤单一人。
為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊，最後他找到接受手術的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。 後來因古萊姆引入了侵略機械人，把目標由犯罪轉變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1（ビッグワン），令戰況更加白熱化。
