柏木空（田村睦心 配音）是一名平凡的男子高中生，因为父亲是一位冒险家，常常不在家，因此，从很小的时候起柏木空就开始独立生活，变得非常擅长料理家事。这一天，柏木空收到了父亲从埃及寄来的包裹，打开包裹后，一个小小的木乃伊出现在了柏木空的面前，看着这个瑟瑟发抖的迷之生物，柏木空哭笑不得。 就这样，柏木空开始了和木乃伊一起的生活，肩负起了照顾小木乃伊的职责。之后，更多奇形怪状的生物出现在柏木空的身边——个性暴躁贪吃又懒惰的可尼、成熟稳重智商超群的阿勇。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
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东历1008年，这是一个盛行弹珠游戏的异世界。少年欧阳小枫为了寻求弹珠的更高技艺而寻找传说中的弹珠仙人拜师学艺，之后在弹珠仙人所在的仙珠山遇到了其他四个并肩作战的好朋友，他们凭着正义，执着，信任，善良，勇气一起都成为了弹珠仙人的徒弟。黑暗中的鬼伯爵一直虎视眈眈着弹珠仙人的五大神圣弹珠战机，想要得到五大弹珠魔神，得其强大的力量，继而统治整个弹珠异世界。为了拿到五大弹珠魔神和流落民间的“弹珠戒指”与“弹珠权杖”，鬼伯爵势要铲除欧阳小枫等五战士，鬼伯爵决定通过三场比赛的递增，得到“弹珠权杖”和“弹珠戒指”，然后依靠其强大的力量再夺取五大圣神弹珠战机……
