水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
故事发生在一处温馨但偏僻的田园小镇奥木染，双亲过世的少年春日野悠（桥本隆 配音）带着体弱多病的妹妹春日野穹（田口宏子 配音）千里迢迢的来到了这里，准备寄宿在祖父留下的房子中。虽然照顾妹妹的起居很辛苦，但悠还是拥有了一段难得愉快的时光。在这里，悠遇见了幼年的玩伴天女目瑛（阪田佳代 配音），成熟温柔的姐姐依媛奈绪（猪口有佳 配音），认真可爱的大小姐渚一叶（小野凉子 配音）等热情亲切的朋友们，还有同班损友中里亮平（中国卓郎 配音）的插科打诨让他笑口常开。同时，一些模糊的回忆逐渐的浮上了心头，是和谁有过怎样的约定呢？面对着面前似曾相识的风景，悠的记忆开始苏醒。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
“红魔鬼”麦林的儿子麦当在地球上长大，他步入父亲后尘，决心找到被视为谎言的“彩虹海”，他依靠神奇力量突破邪恶组织“银河眼”设置的禁区，还邂逅了小星球国王咕咚。臣民因慑于炼丹师的阴谋，把咕咚变成兔子形状，可是他还是落入了炼丹师早已设置的圈套。麦当神勇地击败炼丹师，与咕咚驾飞船飞往彩虹海，可航线被星际联盟关闭，他们只好穿越死亡航线“魔鬼脚印”。历经艰险后，他们在天王星土著帮助下穿越冰雪迷宫，击败了强大的敌人，进入航行者遇难的雪流星。正当胜利在望之机，更大的危险出现了，太空海盗掳走了咕咚，海盗中还有功夫超群的英武少年米龙，麦当还能继续前进吗......
热爱冒险的14岁少年翔锋，在一次野外探险的时候闯入了外星侵略者和地球联合军的战场，在躲避攻击的过程中跌入神秘山洞，遇到一个被水晶封印的神秘少女，并意外触发洞中的远古遗迹机关唤醒了沉睡的少女灵心，被吸进入异空间的翔锋获得了凝聚星球意志的星魂之石和召唤咒语。回到现实的他遭到机兽的追杀。在危急时刻星魂之石发生共鸣，翔锋念出咒语唤醒星球的意志，意志能量附着在一辆废弃的跑车上，变形成为红色的机器人——烈空焰，轻松击退了外星机兽。烈空焰是为了守护星球而诞生的6个星魂战士的其中一个，它的主人就是唤醒它的少年翔锋。从此翔锋肩负起守护地球的艰巨责任，他和烈空焰一边寻找唤醒其它的星魂战士，一边和外星侵略者派出的各种敌人展开激烈战斗……
