“新晋社畜”段佳泽，继承了一家濒临倒闭的动物园，然而被迫签订的一纸合约需要让他以生命为赌注，在短时间内扩大其经营规模；还迎来了一众合约附加的派遣员工：三足金乌“陆压”；九尾狐“有苏“；蛇精“白素贞、小青”等；从此，段佳泽便开始了操碎了心，但似乎又乐在其中的创业之旅…
从美大毕业的社会新鲜人“石本美希”，为了逃离美术和相处多年的石膏像，决定以毫不相关的行业为就职对象，因此来到位於东京上野的艺能事务所“HOLBEIN”中工作。正当美希庆幸自己刚到职就被推荐成为新人偶像团体的经纪人时，她却没想到自己面对的竟然是由战神“马尔斯”、文青“麦地奇”、美男“荷米斯”及圣人“圣乔治”4人（!?）所组成的潮男团体“石膏男孩”，且他们正如团名所示，正好就是美希所厌恶的石膏像……
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
统一历1926年。 谭雅·冯·提古雷查夫少校所率领的帝国军第二〇三航空魔导大队， 在南方大陆发起攻打共和国军残党的战役。 他们期待着凯旋休假，但在本国等待着他们的却是参谋本部的特命。 命令称“联邦国境附近有大规模动员的征兆”。 面临新的巨人的觉醒，不顾一切的帝国军自然地将战果扩大…… 与此同时，联合王国主导的多国籍义勇军踏入了联邦内部。 敌人的敌人即是朋友。 被国家理性所引导，迎来多舛命运的他们之中，有一位少女。 玛丽·苏准尉。 她为了向杀害父亲的帝国讨回正义，而拿起了枪。
